В 1980-х года профессором Колесниковым А.А. был разработан метод аналитического конструирования агрегированных регуляторов (АКАР), который стал «прорывным» в решении проблемы аналитического синтеза автоматических регуляторов для класса многомерных, многогосвязных и нелинейных динамических систем. Метод АКАР стал методологическим ядром  нового синергетического подхода в теории управления, основанного на единстве принципов самоорганизации и управления нелинейных систем. В 1994 г. в издательстве «Энергоатомиздат» вышла монография А.А. Колесникова «Синергетическая теория управления». В этом же году А.А. Колесниковым был сделан доклад на специальной сессии РАН «Новые концепции в теории управления» и  предложенная теория была признана научным сообществом в области теории автоматического управления как одна из наиболее значимых и перспективных. В 1995 г. в г. Таганроге состоялась конференция РАН и Министерства образования РФ, на которую собрались многие известные ученые и специалисты страны, а синергетическая теория управления получила одобрение и значительный импульс для своего развития. 

В 1997-98 гг. были защищены первые кандидатские диссертации (Пшихопов В.Х., Попов А.Н., Веселов Г.Е.), посвященные применению синергетического подхода для решения задач синтеза автоматических регуляторов для управления робототехническими и электромеханическими системами. Профессором Колесниковым создается коллектив молодых исследователей, занимающийся решением задач управления сложными техническими системами (энергетическими, электротехническими, электромеханическими механическими и др.). С 1997 г. этот коллектив принимает участие в выполнении крупного международного проекта (совместно с университетами США и Европы). В этой связи, 1990-е можно считать временем основания научной школы «Синергетика и проблемы теории управления» и формирования коллектива ведущих исследователей.

В 2000-е годы учениками Колесникова защищается несколько кандидатских диссертаций и одна докторская диссертация (Веселов Г.Е.). В 2000 г. под редакцией А.А. Колесникова была издана трехтомная монография «Современная прикладная теория управления», авторский коллектив которой составляли ведущие ученые страны в области автоматического управления. Методологические основы синергетической теории управления получают свое развитие: разработан метод интегральной адаптации нелинейных систем на инвариантных многообразиях, методы синтеза нелинейных наблюдателей параметров и координат систем. Выполняется несколько хоздоговорных НИР по заказам предприятий реального сектора экономики (РАО «Единые энергетические системы», ОАО «Севзапмонтажавтоматика», ОАО «Таганрогский авиационный научно-технический комплекс им. Г.М. Бериева» и др), НИР по грантам РФФИ и Минобразования. Представители научной школы принимают участие в крупных научных мероприятиях, как в России, так и за рубежом. В 2002 г. приказом ректора ТРТУ создается кафедра синергетики и процессов управления и НОЦ «Синергетические технологии управления и моделирования». 

2010-е годы отмечены применением принципов и методов синергетической теории управления в различных прикладных областях. В частности разработаны: новые нелинейные методы проектирования интеллектуальных автопилотов, обеспечивающих структурно-параметрическую адаптацию к экстремальным изменениям внешней среды, нелинейные методы проектирования интеллектуальных макрорегуляторов турбогенераторов и их групп, методы проектирования интеллектуальных систем энергосберегающего управления исполнительными электроприводами транспортных средств; нелинейные методы управления орбитальным движением космических летательных аппаратов; синергетический метод хаосодинамической обработки, передачи и защиты информации. Защищено нескольких кандидатских диссертаций представителями «третьего» поколения научной школы. Руководство НИР осуществляется не только основателем школы, но и его учениками (Веселов Г.Е., Попов А.Н., Кузьменко А.А.). Отмечается рост публикационной активности представителей школы в изданиях, индексируемых в ведущих мировых базах Scopus и Web of Science. Представители школы регулярно участвуют в международных научных мероприятиях, проводимых под эгидой IFAC и IEEE. 

За время работы научной школы, коллективом были полученные следующие награды и премии:

1) Колесникову А.А. в 1993 г. Указом Президента России присвоено почетное звание «Заслуженный деятель науки и техники Российской Федерации». 

2) Колесников А.А. в 2002 г. Указом Президента РФ награжден орденом «Дружбы». 

3) Колесников А.А. – Соросовский профессор (четырежды – 1996 – 1999 гг.) в области точных наук.

4) Колесников А.А. в 2006 г. награжден нагрудным знаком «Почетный работник высшего профессионального образования».

5) Монография «Новые технологии проектирования современных систем управления процессами генерирования электрической энергии» авторского коллектива Кузьменко А.А., Колесников А.А., Веселов Г.Е. признана победителем Всероссийского конкурса литературы по энергетике, проведенном РАО «ЕЭС России» и Московским энергетическим институтом (МЭИ) в 2007 году (монография издана в издательстве «Издательский дом МЭИ» в 2011 г.). 

6) В 2008 г. статья Кузьменко А.А. «Нелинейное адаптивное управление турбогенератором», опубликованная в журнале «Известия РАН. Теория и системы управления» (№1, 2008 г.), стала лауреатом Всероссийского конкурса в области энергетики и смежных наук «Новая генерация», проводимого Российской академией наук РФ и РАО «ЕЭС России».

7) В 2011 г. монография Колесникова А.А. «Кибернетика и синергетика: концептуальный альянс. Размышление о новой научной концепции» стала победителем конкурса ЮФУ «Лучшая научно-исследовательская работа сотрудников 2011 года».

Колесников А.А. и Веселов Г.Е. входят в редакционные коллегии научных журналов «Известия ЮФУ. Технические науки», «Современная наука и инновации», являются членами трех диссертационных советов, входили в оргкомитеты нескольких конференций (всероссийской научной конференции «Управление и информационные технологии» (Россия), международной научной конференции «Системный синтез и прикладная синергетика» (Россия), международной конференции по хаотическим моделям и моделированию сложных систем «CHAOS» (Греция)). 

Колесников А.А. – член-корреспондент Международной Академии навигации и управления движением, член-корреспондент Академии электротехнических наук РФ. Веселов Г.Е. – член-корреспондент Академии инженерных наук РФ. Веселов Г.Е. – член ФУМО по УГСН 10.00.00 «Информационная безопасность», Попов А.Н. – член ФУМО по УГСН 27.00.00 «Управление в технических системах».

С самого начала основания научной школы ее представители принимали непосредственное участие в образовательном процессе. С  успешно ведется подготовка бакалавров, магистров и аспирантов по направлениям «Автоматизация и управление» и «Системный анализ и управление», «Управление в технических системах». В 2010-2012 гг по заказу ТАНТК. им. Г.М. Бериева проведено целевое  обучение работников этого предприятия по магистерским программам направления «»Системный анализ и управление» (26 магистров). Поставлено несколько авторских курсов: «Синергетическая теория управления», «Управление рисками», «Синергетика и теория самоорганизации», «Основы нелинейной динамики», «Синергетические технологии управления электромеханическими и робототехническими системами», «Интеллектуальные системы управления», «Современные методы управления сложными системами» и др.